ログインした状態で「会員メニュー」にアクセスすると、「ポイントカードの登録」ボタンがありますので、クリックして登録してください。
https://www.kinokuniya.co.jp/member/CMmMyPage.jsp
(ボタンが表示されない場合は、既にポイントカード番号が登録されています。自分のポイントカード番号を確認する方法はこちらをご覧ください。)
https://kinokuniya.tayori.com/q/webfaq/detail/567962/
ポイントカードの裏面に記載された会員番号を、先頭2桁(29)を除いた5桁と6桁の数字を入力して、登録してください。